Un Comité de Pilotage partenarial a été crée, composé des représentants de la Région, de l'Etat (DIREN) et des 5 Conseils Généraux. Il définit les modalités et le calendrier de travail de l'Observatoire, puis assure un suivi régulier de sa mise en œuvre.

Des Groupes de Travail par risque naturel ont été constitués, associant les principaux acteurs de la prévention des risques concernés. A ce jour, il existe 4 Groupes de Travail par risque : 

• Groupes de Travail "Inondation" 
• Groupes de Travail "Incendie"
• Groupes de Travail "Erosion du littoral et submersion marine"
• Groupes de Travail "Mouvement de terrain, séisme et avalanche"

Les membres de ces groupes de travail sont désignés par le Comité de pilotage en raison de leurs qualifications et de leurs compétences particulières. Ils ont un rôle de conseil et de proposition auprès du Comité de pilotage.